Alignment of NLV strains where Country is Afghanistan
0 10 20 30 40 50 60
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HILLINGDON GCTGACTCTCTGTGCTTTGTCTG.AAGTCACCAACCTGTCTCCT.GACATC.GTGCAGGCAAA
MELKSHAM CCTCACCCTATGTGCTCTTTCTG.AAGTCACAGACCTTTCTCCT.GACATT.GTGCAGGCCAA
HARROW_II CCTAACACTATGTGCGCTGTCTG.AAGTCACAGATCTGTCCCCT.GACATC.ATCCAGGCAAA
HAWAII_Rot CCTCACACTCTGCGCACTCTCTG.AAACTACAAATCTGTCCCCT.GACATC.ATCCAGGCAAA
BRISTOL_Gr TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTG.AAGTTACAAACTTGTCTCCT.GACATC.ATACAGGCTAA
HAWAII_Ste TCTCACGCTCTGTGCACTCTCTG.AAGTGACAAATTTATCTCCT.GACATC.ATCCAAGCAAA
TORONTO_24 GCTTACTCTGTGTGCCCTTTCTG.AAGTGACAGGACTAGGCCCC.GACATC.ATACAAGCTAA
AMSTERDAM_ CCTGACCCTCAGTGCTATGTCCG.AGGTCTCTGGTCTTTCACCT.GAGGTT.GTGCAAGCCAA
LEEDS_Guer CCTAACTTTGAGTGCAATGGCAG.AAGTGTCAGGTCTTTCACCA.GATGTT.GTCCAAGCTCA
SOUTHAMPTO GATAACTTTGTGTGCCCTCTCTG.AGGTTACTGGCCTATCACCA.GATGTT.ATTCAGTCCAT
VALETTA GATCACATTGTGTGCCATGTCTG.AAGTCACAGGCTTATCACCC.GATGTC.ATACAGTCCCA
DESERT_SHI CCTAACTCTATGTGCACTGTCAG.AAGTCACTGGTTTGTCCCCT.GATGTA.ATACAGTCACA
KSR2A/2001 CTATACTTTGTGTGCCTTATCAG.AAGTTACTGGCTTGGCCCCT.GATGTG.ATACAGTCACA
GHANA AATCACCCTTTGTGCCCTCTCTG.AAGTCACCGGACTTTCTCCT.GATGTG.ATACAGTCACA
NORWALK_Ro AATTACCCTCTGTGCACTCTCTG.AAGCCACCGGTCTGTCACCT.GATGTA.GTGCAATCCAT
ALPHATON_S CGTCACTCTCACATCCATGGCTG.AGGCCACTGGCCTGGACCCT.GACATC.GTCCAGGCTAA
2234290 GATAACTTTGTGTGCCCTCTCTGTAGGTGACTGGCCTGTCACCCAGATGTNTATTCNNGTCCA
2234636 TCTCACTCTTTGTGCACTTTCTG.AAGTCACGGACCTGTCTCCC.GACATT.ATCCAGGCTAA
2236080 TCTCACTCTTTGTGCACTTTCTG.AAGTCACGGACCTGTCTCCC.GACATT.ATCCAGGCTAA
2234289 TCTCACTCTTTGTGCACTTTCTG.AAGTCACGGACCTGTCTCCC.GACATT.ATCCAGGCTAA
2233859 TCTCACTCTTTGTGCACTTTCTG.AAGTCACGGACCTGTCTCCC.GACATT.ATCCAGGCTAA