Alignment of NLV strains where Country is Afghanistan


            0         10        20        30        40        50        60 
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HILLINGDON  GCTGACTCTCTGTGCTTTGTCTG.AAGTCACCAACCTGTCTCCT.GACATC.GTGCAGGCAAA
MELKSHAM    CCTCACCCTATGTGCTCTTTCTG.AAGTCACAGACCTTTCTCCT.GACATT.GTGCAGGCCAA
HARROW_II   CCTAACACTATGTGCGCTGTCTG.AAGTCACAGATCTGTCCCCT.GACATC.ATCCAGGCAAA
HAWAII_Rot  CCTCACACTCTGCGCACTCTCTG.AAACTACAAATCTGTCCCCT.GACATC.ATCCAGGCAAA
BRISTOL_Gr  TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTG.AAGTTACAAACTTGTCTCCT.GACATC.ATACAGGCTAA
HAWAII_Ste  TCTCACGCTCTGTGCACTCTCTG.AAGTGACAAATTTATCTCCT.GACATC.ATCCAAGCAAA
TORONTO_24  GCTTACTCTGTGTGCCCTTTCTG.AAGTGACAGGACTAGGCCCC.GACATC.ATACAAGCTAA
AMSTERDAM_  CCTGACCCTCAGTGCTATGTCCG.AGGTCTCTGGTCTTTCACCT.GAGGTT.GTGCAAGCCAA
LEEDS_Guer  CCTAACTTTGAGTGCAATGGCAG.AAGTGTCAGGTCTTTCACCA.GATGTT.GTCCAAGCTCA
SOUTHAMPTO  GATAACTTTGTGTGCCCTCTCTG.AGGTTACTGGCCTATCACCA.GATGTT.ATTCAGTCCAT
VALETTA     GATCACATTGTGTGCCATGTCTG.AAGTCACAGGCTTATCACCC.GATGTC.ATACAGTCCCA
DESERT_SHI  CCTAACTCTATGTGCACTGTCAG.AAGTCACTGGTTTGTCCCCT.GATGTA.ATACAGTCACA
KSR2A/2001  CTATACTTTGTGTGCCTTATCAG.AAGTTACTGGCTTGGCCCCT.GATGTG.ATACAGTCACA
GHANA       AATCACCCTTTGTGCCCTCTCTG.AAGTCACCGGACTTTCTCCT.GATGTG.ATACAGTCACA
NORWALK_Ro  AATTACCCTCTGTGCACTCTCTG.AAGCCACCGGTCTGTCACCT.GATGTA.GTGCAATCCAT
ALPHATON_S  CGTCACTCTCACATCCATGGCTG.AGGCCACTGGCCTGGACCCT.GACATC.GTCCAGGCTAA
2234290     GATAACTTTGTGTGCCCTCTCTGTAGGTGACTGGCCTGTCACCCAGATGTNTATTCNNGTCCA
2234636     TCTCACTCTTTGTGCACTTTCTG.AAGTCACGGACCTGTCTCCC.GACATT.ATCCAGGCTAA
2236080     TCTCACTCTTTGTGCACTTTCTG.AAGTCACGGACCTGTCTCCC.GACATT.ATCCAGGCTAA
2234289     TCTCACTCTTTGTGCACTTTCTG.AAGTCACGGACCTGTCTCCC.GACATT.ATCCAGGCTAA
2233859     TCTCACTCTTTGTGCACTTTCTG.AAGTCACGGACCTGTCTCCC.GACATT.ATCCAGGCTAA