Alignment of NLV strains where Setting is Cruise Ship


            0         10        20        30        40        50        
            |---------|---------|---------|---------|---------|---------
HILLINGDON  GCTGACTCTCTGTGCTTTGTCTGAAGTCACCAACCTGTCTCCTGACATCGTGCAGGCAAA
MELKSHAM    CCTCACCCTATGTGCTCTTTCTGAAGTCACAGACCTTTCTCCTGACATTGTGCAGGCCAA
HARROW_II   CCTAACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
HAWAII_Rot  CCTCACACTCTGCGCACTCTCTGAAACTACAAATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
BRISTOL_Gr  TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCTCCTGACATCATACAGGCTAA
HAWAII_Ste  TCTCACGCTCTGTGCACTCTCTGAAGTGACAAATTTATCTCCTGACATCATCCAAGCAAA
TORONTO_24  GCTTACTCTGTGTGCCCTTTCTGAAGTGACAGGACTAGGCCCCGACATCATACAAGCTAA
AMSTERDAM_  CCTGACCCTCAGTGCTATGTCCGAGGTCTCTGGTCTTTCACCTGAGGTTGTGCAAGCCAA
LEEDS_Guer  CCTAACTTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTTTCACCAGATGTTGTCCAAGCTCA
SOUTHAMPTO  GATAACTTTGTGTGCCCTCTCTGAGGTTACTGGCCTATCACCAGATGTTATTCAGTCCAT
VALETTA     GATCACATTGTGTGCCATGTCTGAAGTCACAGGCTTATCACCCGATGTCATACAGTCCCA
DESERT_SHI  CCTAACTCTATGTGCACTGTCAGAAGTCACTGGTTTGTCCCCTGATGTAATACAGTCACA
KSR2A/2001  CTATACTTTGTGTGCCTTATCAGAAGTTACTGGCTTGGCCCCTGATGTGATACAGTCACA
GHANA       AATCACCCTTTGTGCCCTCTCTGAAGTCACCGGACTTTCTCCTGATGTGATACAGTCACA
NORWALK_Ro  AATTACCCTCTGTGCACTCTCTGAAGCCACCGGTCTGTCACCTGATGTAGTGCAATCCAT
ALPHATON_S  CGTCACTCTCACATCCATGGCTGAGGCCACTGGCCTGGACCCTGACATCGTCCAGGCTAA
2130469     GATCACATTGTGTGCCATGTCTGAAGTCACAGGCTTATCACCCGATGTCATACAGTCCCA
2119447     GATCACATTGTGTGCCATGTCTGAAGTCACAGGCTTATCACCCGATGTCATACAATCCCA
2045590     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
9952255     GATCACATTGTGTGCCATGTCTGAAGTCACAGGCTTATCACCCGATGTCATACAGTCCCA
9907823     GATCACACTGTGTGCCATGTCTGAAGTCACAGGCTTATCACCCGATGTCATACAGTCCCA
2028033     GATCNCATTGTGTGCCATGTCTGAAGTCACAGGCTTATCACCCGATGTCATACAATCCCA
2051432     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
9846938     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2050825     TCTCACTCTCTGTGCACTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
9900659     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAGCTTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2306588     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2306589     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2318664     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2259926     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2238693     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2251292     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2258934     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2301106     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2311415     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2318667     TCTCACTCTCTGTGCGCTTTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2261315     TCTCACTCTCTGCGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2261301     TCTCACTCTCTGCGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2324781     TCTCACTCTCTGCGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2256283     CCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2325576     CCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2273635     CCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2273630     CCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2266024     TCTCACTCTCTGCGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2234066     TCTCACTCTCTGCGCGCTCTCTGAAGTTACAGATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2128641     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCCGACATCATACAGGCCAA
2128644     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCCGACATCATACAGGCCAA
2128652     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCCGACATCATACAGGCCAA
2128654     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCCGACATCATACAGGCCAA
2128656     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCCGACATCATACAGGCCAA
2128657     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCCGACATCATACAGGCCAA
2128645     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCCGACATCATACAGGCCAA
2260871     GTTGACTCTCTGTGCTTTGTCTGAAGTCACCAACCTGTCCCCTGACATCGTGCAGGCAAA
2260867     GTTGACTCTCTGTGCTTTGTCTGAAGTCACCAACCTGTCCCCTGACATCGTGCAGGCAAA
2268553     CCTCACACTATGTGCACTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
9900663     AATAACCTTATGTGCCCTCTCTGAAGTGACTGGTCTATCACCAGATGTTATTCAGTCCAT
2255440     CTTAACCCTATGTGCACTGTCAGAAGTCACTGGCTTGTCCCCAGATGTGATACAATCGCA
2251295     CTTAACCCTATGTGCACTGTCAGAAGTCACTGGCTTGTCCCCAGATGTGATACAATCGCA
2251293     CTTAACCCTATGTGCACTGTCAGAAGTCACTGGCTTGTCCCCAGATGTGATACAATCGCA
2028578     CATCACCCTAAGCGCTATGGCAGAGGTGTCCGGCCTCTCCCCAGAGGTCATACAGGCCAA