Alignment of NLV strains where Setting is Nursing Home


            0         10        20        30        40        50        
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HILLINGDON  GCTGACTCTCTGTGCTTTGTCTGAAGTCACCAACCTGTCTCCTGACATCGTGCAGGCAAA
MELKSHAM    CCTCACCCTATGTGCTCTTTCTGAAGTCACAGACCTTTCTCCTGACATTGTGCAGGCCAA
HARROW_II   CCTAACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
HAWAII_Rot  CCTCACACTCTGCGCACTCTCTGAAACTACAAATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
BRISTOL_Gr  TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCTCCTGACATCATACAGGCTAA
HAWAII_Ste  TCTCACGCTCTGTGCACTCTCTGAAGTGACAAATTTATCTCCTGACATCATCCAAGCAAA
TORONTO_24  GCTTACTCTGTGTGCCCTTTCTGAAGTGACAGGACTAGGCCCCGACATCATACAAGCTAA
AMSTERDAM_  CCTGACCCTCAGTGCTATGTCCGAGGTCTCTGGTCTTTCACCTGAGGTTGTGCAAGCCAA
LEEDS_Guer  CCTAACTTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTTTCACCAGATGTTGTCCAAGCTCA
SOUTHAMPTO  GATAACTTTGTGTGCCCTCTCTGAGGTTACTGGCCTATCACCAGATGTTATTCAGTCCAT
VALETTA     GATCACATTGTGTGCCATGTCTGAAGTCACAGGCTTATCACCCGATGTCATACAGTCCCA
DESERT_SHI  CCTAACTCTATGTGCACTGTCAGAAGTCACTGGTTTGTCCCCTGATGTAATACAGTCACA
KSR2A/2001  CTATACTTTGTGTGCCTTATCAGAAGTTACTGGCTTGGCCCCTGATGTGATACAGTCACA
GHANA       AATCACCCTTTGTGCCCTCTCTGAAGTCACCGGACTTTCTCCTGATGTGATACAGTCACA
NORWALK_Ro  AATTACCCTCTGTGCACTCTCTGAAGCCACCGGTCTGTCACCTGATGTAGTGCAATCCAT
ALPHATON_S  CGTCACTCTCACATCCATGGCTGAGGCCACTGGCCTGGACCCTGACATCGTCCAGGCTAA
2116099     TCTCACGCTCTGTGCACTCTCTGAAGTGACAAATTTATCTCCTGACATCATCCAAGCAAA
2110994     TCTCACGCTCTGTGCACTCTCTGAAGTGACAAATTTATCTCCTGACATCATCCAAGCAAA
2131528     TCTCACGCTCTGTGCACTCTCTGAAGTGACAAATTTATCTCCTGACATCATCCAAGCAAA
2123736     TCTCACGCTCTGTGCACTCTCTGAAGTGACAAATTTATCTCCTGACATCATCCAAGCAAA
2116105     TCTCACGCTCTGTGCACTCTCTGAAGTGACAAATTTATCTCCTGACATCATCCAAGCAAA
2048431     CCTGACCCTCAGTGCTATGTCCGAGGTCTCTGGTCTTTCACCTGAGGTTGTGCAAGCCAA
2045584     CCTCACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2201134     CCTCACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2052129     CCTCACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2123326     CCTCACACTATGTGCACTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2111001     CCTCACACTATGTGCACTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2203976     CCTCACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2210143     CCTCACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2206617     CCTCACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2156021     CCTCACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2203625     CCTCACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2210124     CCTCACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2209262     CCTCACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2123333     CCTCACACTATGCGCACTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2123339     GATCACATTGTGTGCCATGTCTGAAGTCACAGGCTTATCACCCGATGTCATACAATCCCA
2123751     GATCACATTGTGTGCCATGTCTGAAGTCACAGGCTTATCACCCGATGTCATACAATCCCA
2125596     GATCACATTGTGTGCCATGTCTGAAGTCACAGGCTTATCACCCGATGTCATACAATCCCA
2000040     GATCACATTGTGTGCCATGTCTGAAGTCACAGGCTTATCACCCGATGTCATACAATCCCA
2233606     GATAACTTTGTGTGCCCTCTCTGAGGTGACTGGCCTGTCACCAGATGTTATTCAGTCCAT
2163467     GATAACTTTGTGCGCCCTCTCTGAGGTGACTGGCCTGTCACCAGATGTTATTCAGTCCAT
9928525     CCTCACACTCTGTGCACTCTCTGAAACTACAAATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
9928540     CCTAACTTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCACCAGATGTTGTCCAAGCTCA
2114536     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2202821     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACCAACTTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2216829     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACCAACTTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2163485     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCTGACGTCATACAGGCTAA
2153583     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAATTTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2203464     TCTCACTCTCTGTGCACTCTCTGAAGTTACAAATTTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2209263     CCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCTGACATCATACAGGCCAA
2211999     CCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCTGACATCATACTGGCCAA
2226552     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTCACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2221922     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2252946     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2244249     TCTCACTCTCTGCGCGCTCTCTGAAGTCACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2260904     TCTCACTCTCTGCGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2252947     TCTCACTCTCTGCGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2129391     CCTCACTCTCTGTGCACTCTCTGAAGTTACAAACCTGTCCCCTGATATCATACAGGCTAA
2051164     CCTGACTCTATGTGCACTGTCAGAAGTCACTGGCTTGTCCCCTGATGTGATACAATCACA
2052128     CCTAACTCTGTGTGCACTGTCAGAAGTCACTGGCTTGTCCCCTGATGTGATACAATCACA
2122049     CCTGACTCTGTGTGCACTGTCAGAAGTCACTGGCTTGTCCCCTGATGTGATACAATCACA
2153841     CCTAACCCTATGTGCACTGTCAGAAGTCACTGGCTTGTCCCCAGATGTGATACAATCACA
2152746     CCTCACACTCTGTGCACTCTCTGAAGTAACAAATCTGTCCCCTGACATTGTCCAGGCAAA
2123327     CCTAACCTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGCCTTTCACCAGATGTTGTCCAAGCTCA
2156866     CCTAACCTTGAGTGCAATGGCAGAAGTATCAGGCCTTTCACCAGATGTTGTCCAAGCTCA
2123349     CCTAACCCTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCACCAGATGTTGTCCAAGCCCA
2228100     CCTAACCTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCGCCAGATGTTGTCCAAGCCCA
2152727     CCTGACCTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCGCCAGATGTTGTCCAAGCCCA
2152748     CCTAACCTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCGCCAGATGTTGTCCAAGCCCA
2152713     CCTAACCTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCGCCAGATGTTGTCCAAGCCCA
2205771     CCTAACCTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCGCCAGATGTTGTCCAAGCCCA
2249797     ACTAACCTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCGCCAGATGTTGTCCAAGCCCA
2210118     CCTAACCTTGAGTGCAATGGCAGAAGTATCAGGTCTCTCACCAGATGTTGTCCAAGCCCA
9928662     CCTAACTCTATGTGCATTATCAGAAGTCACTGGCTTATCCCCTGATGTGATACAATCACA
2114492     TCTCACCTTATGTGCCCTTTCTGAAGTTACAGATCTCTCTCCTGACATTGTGCAGGCCAA
2048307     AATAACTCTGTGTGCCCTTTCTGAAGTAACTGGTCTGTCACCAGATGTTATCCAGTCCAT
2038436     GATCACGCTGTGTGCCATGTCTGAAGTCACGGGTTTGTCACCTGATGTCATACAGTCCCA
2045564     AATTACCCTCTGTGCCCTCTCTGAGGTTACTGGACTATCTCCTGATGTAATACAGTCACA