Alignment of NLV strains where Setting is Sporadic


            0         10        20        30        40        50        
            |---------|---------|---------|---------|---------|---------
HILLINGDON  GCTGACTCTCTGTGCTTTGTCTGAAGTCACCAACCTGTCTCCTGACATCGTGCAGGCAAA
MELKSHAM    CCTCACCCTATGTGCTCTTTCTGAAGTCACAGACCTTTCTCCTGACATTGTGCAGGCCAA
HARROW_II   CCTAACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
HAWAII_Rot  CCTCACACTCTGCGCACTCTCTGAAACTACAAATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
BRISTOL_Gr  TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCTCCTGACATCATACAGGCTAA
HAWAII_Ste  TCTCACGCTCTGTGCACTCTCTGAAGTGACAAATTTATCTCCTGACATCATCCAAGCAAA
TORONTO_24  GCTTACTCTGTGTGCCCTTTCTGAAGTGACAGGACTAGGCCCCGACATCATACAAGCTAA
AMSTERDAM_  CCTGACCCTCAGTGCTATGTCCGAGGTCTCTGGTCTTTCACCTGAGGTTGTGCAAGCCAA
LEEDS_Guer  CCTAACTTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTTTCACCAGATGTTGTCCAAGCTCA
SOUTHAMPTO  GATAACTTTGTGTGCCCTCTCTGAGGTTACTGGCCTATCACCAGATGTTATTCAGTCCAT
VALETTA     GATCACATTGTGTGCCATGTCTGAAGTCACAGGCTTATCACCCGATGTCATACAGTCCCA
DESERT_SHI  CCTAACTCTATGTGCACTGTCAGAAGTCACTGGTTTGTCCCCTGATGTAATACAGTCACA
KSR2A/2001  CTATACTTTGTGTGCCTTATCAGAAGTTACTGGCTTGGCCCCTGATGTGATACAGTCACA
GHANA       AATCACCCTTTGTGCCCTCTCTGAAGTCACCGGACTTTCTCCTGATGTGATACAGTCACA
NORWALK_Ro  AATTACCCTCTGTGCACTCTCTGAAGCCACCGGTCTGTCACCTGATGTAGTGCAATCCAT
ALPHATON_S  CGTCACTCTCACATCCATGGCTGAGGCCACTGGCCTGGACCCTGACATCGTCCAGGCTAA
2001476     CCTCACACTCTGCGCACTCTCTGAAACTACAAATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2114928     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2123756     GATCACATTGTGTGCCATGTCTGAAGTCACAGGCTTATCACCCGATGTCATACAATCCCA
2001475     CCTAACTTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCACCAGATGTTGTCCAAGCTCA
2001482     CCTAACTTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCACCAGATGTTGTCCAAGCTCA
2018700     GATCACATTGTGTGCCATGTCTGAAGTCACAGGCTTATCACCCGATGTTATACAATCCCA
2114502     CCTCACACTCTGCGCACTCTCTGAAACTACAAATCTGTCCCCTGACACCATCCAGGCAAA
2001488     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2240263     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2011724     CCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2123348     CCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCTGACATCATACAGGCCAA
9643812     GCTTACTCTGTGTGCCCTTTCTGAAGTGACAGGACTAGGCCCCGACATCATACAAGCTAA
9643813     GCTTACTCTGTGTGCCCTTTCTGAAGTGACAGGACTAGGCCCCGACATCATACAAGCTAA
9643815     GCTTACTCTGTGTGCCCTTTCTGAAGTGACAGGACTAGGCCCCGACATCATACAAGCTAA
9643811     GCTTACTCTGTGTGCCCTTTCTGAAGTGATAGGACTAGGCCCCGACATCATACAAGCTAA
9643814     GCTTACTTTGTGTGCCCTTTCTGAAGTGACAGGACTAGGCCCCGACATCATACAAGCTAA
2011710     CCTCACACTCTGCGCACTCTCTGAGATCACAAACCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2027980     CCTCACACTCTGCGCACTCTCTGAGATCACAAACCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2027974     CCTCACACTCTGCGCACTCTCTGAGATCACAAACCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2019150     CCTCACACTCTGCGCACTCTCTGAGACCACAAACCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2019157     CCTCACACTCTGCGCACTCTCTGAGACCACAAACCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2027982     CCTCACACTCTGCGCACTCTCTGAGACCACAAACCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2152775     GATAACTTTGTGTGCCCTCTCTGAGGTGACTGGCCTGTCACCAGATGTTATTCAGTCCAT
9643806     GCTCACTCTATGTGCCCTTTCTGAAGTGACAGGACTAGGCCCCGACATCATACAAGCTAA
2152740     CCTAACCTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCGCCAGATGTTGTCCAAGCCCA
2049242     CCTAACCTTAAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCGCCAGATGTTGTCCAAGCCCA
2152734     CTTAACCTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCGCCAGATGTTGTCCAAGCTCA
2001484     CCTAACTTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCACCAGATGTTGTCCAAXCCCA
2028030     CCTAACTTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCACCAGATGTTGTCCAAXCCCA
2012084     TCTAACTTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCACCAGATGTTGTCCAAGCCCA
2264053     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACGAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2264054     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACGAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2281616     TCTCACTCTCTGCGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCCAA
2270014     TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTCACAAATCTGTCCCCTGACATTATACAGGCTAA
2028031     CCTAACTCTGTGTGCACTGTCAGAAGTCACTGGCTTGTCCCCTGATGTGATACAATCACA
2012101     CCTAACTCTATGTGCACTGTCAGAAGTCACTGGCTTGTCCCCTGATGTGATACAATCACA
2152753     CCTAACTCTGTGTGCACTGTCAGAAGTCACTGGCTTGTCCCCTGATGTGATACAATCACA
2114907     TCTCACGCTCTGTGCACTCTCTGAAGTGACAAATTTATCCCCTGACATCATCCAAGCAAA
2152722     TCTCACGCTCTGTGCACTCTCTGAAGTGACAAATTTATCTCCTGACATCATCCAAGCAAA
2123738     TCTCACGCTCTGTGCACTCTCTGAAGTGACAAATTTGTCTCCTGACATTATCCAAGCAAA
2152745     CCTCACACTATGTGCACTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2123357     CCTCACACTATGCGCACTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2114510     CCTCACACTATGCGCACTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2123730     CCTCACACTATGTGCACTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2123723     CCTCACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2114522     CCTCACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2224619     CCTCACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2224620     CCTCACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2114530     CCTCACACTATTCGCACTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2152750     CCTCACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACACCATCCAGGCAAA
2018676     CCTTACCTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCACCAGATGTTGTCCAAGCCCA
2011738     CCTAACTTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCACCAGATGTTGTCCAAGCTCA
2152744     TCTAACTTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCACCAGATGTTGTCCAAGCTCA
2114929     CCTCACCTTATGTGCCCTTTCTGAAGTTACAGATCTCTCTCCTGACATTGTGCAGGCCAA
2123731     CCTCACCTTATGTGCCCTTTCTGAAGTTACAGATCTCTCTCCTGACATTGTGCAGGCCAA
2152757     CCTCACCTTATGTGCCCTTTCTGAAGTTACAGATCTCTCTCCTGACATTGTGCAGGCCAA
2123760     CCTCACCTTATGTGCCCTTTCTGAAGTTACTGATCTCTCTCCTGACATTGTGCAGGCCAA
2152696     CCTCACCTTATGTGCCCTTTCTGAAGTTACAGATTTCTCTCCTGACATTGTGCAGGCCAA
2114508     TCTCACCTTATGTGCCCTTTCTGAAGTTACAGATCTCTCTCCTGACATTGTGCAGGCCAA
9643807     GCTTACATTGTGTGCTCTTTCTGAAGTGACAGGACTAGGACCTGACATCATACAAGCCAA
2268652     ACTCACACTGTGTGCCCTGTCTGAAGTCACAGGTCTAGGTCCTGACATCATACAAGCCAA
9643805     CCTCACTCTCTGTGCACTATCTGAGGTGACAAATTTGTCCCCTGACACCATCCAAGCAAA
9643810     CCTCACTCTCTGTGCACTCTCTGAGGTGACAAATTTGTCCCCTGACACCATCCAAGCAAA
2045521     CCTCACTCTCTGTGCACTCTCTGAAGTCACAAGCCTGTCCCCTGATATTATACAGGCCAA
2114509     CCTCACCCTCTGTGCACTTTCTGAGGTCACAAACCTGTCCCCTGATATTATCCAGGCCAA
2114531     CCTCACCCTCTGTGCACTTTCTGAGGTCACAAACCTGTCCCCTGATATTATCCAGGCCAA
2019151     CCTCACCCTTTGTGCACTCTCTGAAGTCACGAACCTATCCCCTGACATCATACAAGCTAA
2045565     AATCACCCTCTGTGCATTGTCTGAGGCTACTGGCTTATCACCTGATGTGGTACAGTCCAT