Alignment of NLV strains where Setting is Sporadic
0 10 20 30 40 50
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HILLINGDON GCTGACTCTCTGTGCTTTGTCTGAAGTCACCAACCTGTCTCCTGACATCGTGCAGGCAAA
MELKSHAM CCTCACCCTATGTGCTCTTTCTGAAGTCACAGACCTTTCTCCTGACATTGTGCAGGCCAA
HARROW_II CCTAACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
HAWAII_Rot CCTCACACTCTGCGCACTCTCTGAAACTACAAATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
BRISTOL_Gr TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCTCCTGACATCATACAGGCTAA
HAWAII_Ste TCTCACGCTCTGTGCACTCTCTGAAGTGACAAATTTATCTCCTGACATCATCCAAGCAAA
TORONTO_24 GCTTACTCTGTGTGCCCTTTCTGAAGTGACAGGACTAGGCCCCGACATCATACAAGCTAA
AMSTERDAM_ CCTGACCCTCAGTGCTATGTCCGAGGTCTCTGGTCTTTCACCTGAGGTTGTGCAAGCCAA
LEEDS_Guer CCTAACTTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTTTCACCAGATGTTGTCCAAGCTCA
SOUTHAMPTO GATAACTTTGTGTGCCCTCTCTGAGGTTACTGGCCTATCACCAGATGTTATTCAGTCCAT
VALETTA GATCACATTGTGTGCCATGTCTGAAGTCACAGGCTTATCACCCGATGTCATACAGTCCCA
DESERT_SHI CCTAACTCTATGTGCACTGTCAGAAGTCACTGGTTTGTCCCCTGATGTAATACAGTCACA
KSR2A/2001 CTATACTTTGTGTGCCTTATCAGAAGTTACTGGCTTGGCCCCTGATGTGATACAGTCACA
GHANA AATCACCCTTTGTGCCCTCTCTGAAGTCACCGGACTTTCTCCTGATGTGATACAGTCACA
NORWALK_Ro AATTACCCTCTGTGCACTCTCTGAAGCCACCGGTCTGTCACCTGATGTAGTGCAATCCAT
ALPHATON_S CGTCACTCTCACATCCATGGCTGAGGCCACTGGCCTGGACCCTGACATCGTCCAGGCTAA
2001476 CCTCACACTCTGCGCACTCTCTGAAACTACAAATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2114928 TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2123756 GATCACATTGTGTGCCATGTCTGAAGTCACAGGCTTATCACCCGATGTCATACAATCCCA
2001475 CCTAACTTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCACCAGATGTTGTCCAAGCTCA
2001482 CCTAACTTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCACCAGATGTTGTCCAAGCTCA
2018700 GATCACATTGTGTGCCATGTCTGAAGTCACAGGCTTATCACCCGATGTTATACAATCCCA
2114502 CCTCACACTCTGCGCACTCTCTGAAACTACAAATCTGTCCCCTGACACCATCCAGGCAAA
2001488 TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2240263 TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2011724 CCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2123348 CCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACAAACTTGTCCCCTGACATCATACAGGCCAA
9643812 GCTTACTCTGTGTGCCCTTTCTGAAGTGACAGGACTAGGCCCCGACATCATACAAGCTAA
9643813 GCTTACTCTGTGTGCCCTTTCTGAAGTGACAGGACTAGGCCCCGACATCATACAAGCTAA
9643815 GCTTACTCTGTGTGCCCTTTCTGAAGTGACAGGACTAGGCCCCGACATCATACAAGCTAA
9643811 GCTTACTCTGTGTGCCCTTTCTGAAGTGATAGGACTAGGCCCCGACATCATACAAGCTAA
9643814 GCTTACTTTGTGTGCCCTTTCTGAAGTGACAGGACTAGGCCCCGACATCATACAAGCTAA
2011710 CCTCACACTCTGCGCACTCTCTGAGATCACAAACCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2027980 CCTCACACTCTGCGCACTCTCTGAGATCACAAACCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2027974 CCTCACACTCTGCGCACTCTCTGAGATCACAAACCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2019150 CCTCACACTCTGCGCACTCTCTGAGACCACAAACCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2019157 CCTCACACTCTGCGCACTCTCTGAGACCACAAACCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2027982 CCTCACACTCTGCGCACTCTCTGAGACCACAAACCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2152775 GATAACTTTGTGTGCCCTCTCTGAGGTGACTGGCCTGTCACCAGATGTTATTCAGTCCAT
9643806 GCTCACTCTATGTGCCCTTTCTGAAGTGACAGGACTAGGCCCCGACATCATACAAGCTAA
2152740 CCTAACCTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCGCCAGATGTTGTCCAAGCCCA
2049242 CCTAACCTTAAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCGCCAGATGTTGTCCAAGCCCA
2152734 CTTAACCTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCGCCAGATGTTGTCCAAGCTCA
2001484 CCTAACTTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCACCAGATGTTGTCCAAXCCCA
2028030 CCTAACTTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCACCAGATGTTGTCCAAXCCCA
2012084 TCTAACTTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCACCAGATGTTGTCCAAGCCCA
2264053 TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACGAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2264054 TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTTACGAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCTAA
2281616 TCTCACTCTCTGCGCGCTCTCTGAAGTTACAAATCTGTCCCCTGACATCATACAGGCCAA
2270014 TCTCACTCTCTGTGCGCTCTCTGAAGTCACAAATCTGTCCCCTGACATTATACAGGCTAA
2028031 CCTAACTCTGTGTGCACTGTCAGAAGTCACTGGCTTGTCCCCTGATGTGATACAATCACA
2012101 CCTAACTCTATGTGCACTGTCAGAAGTCACTGGCTTGTCCCCTGATGTGATACAATCACA
2152753 CCTAACTCTGTGTGCACTGTCAGAAGTCACTGGCTTGTCCCCTGATGTGATACAATCACA
2114907 TCTCACGCTCTGTGCACTCTCTGAAGTGACAAATTTATCCCCTGACATCATCCAAGCAAA
2152722 TCTCACGCTCTGTGCACTCTCTGAAGTGACAAATTTATCTCCTGACATCATCCAAGCAAA
2123738 TCTCACGCTCTGTGCACTCTCTGAAGTGACAAATTTGTCTCCTGACATTATCCAAGCAAA
2152745 CCTCACACTATGTGCACTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2123357 CCTCACACTATGCGCACTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2114510 CCTCACACTATGCGCACTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2123730 CCTCACACTATGTGCACTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2123723 CCTCACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2114522 CCTCACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2224619 CCTCACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2224620 CCTCACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2114530 CCTCACACTATTCGCACTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACATCATCCAGGCAAA
2152750 CCTCACACTATGTGCGCTGTCTGAAGTCACAGATCTGTCCCCTGACACCATCCAGGCAAA
2018676 CCTTACCTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCACCAGATGTTGTCCAAGCCCA
2011738 CCTAACTTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCACCAGATGTTGTCCAAGCTCA
2152744 TCTAACTTTGAGTGCAATGGCAGAAGTGTCAGGTCTCTCACCAGATGTTGTCCAAGCTCA
2114929 CCTCACCTTATGTGCCCTTTCTGAAGTTACAGATCTCTCTCCTGACATTGTGCAGGCCAA
2123731 CCTCACCTTATGTGCCCTTTCTGAAGTTACAGATCTCTCTCCTGACATTGTGCAGGCCAA
2152757 CCTCACCTTATGTGCCCTTTCTGAAGTTACAGATCTCTCTCCTGACATTGTGCAGGCCAA
2123760 CCTCACCTTATGTGCCCTTTCTGAAGTTACTGATCTCTCTCCTGACATTGTGCAGGCCAA
2152696 CCTCACCTTATGTGCCCTTTCTGAAGTTACAGATTTCTCTCCTGACATTGTGCAGGCCAA
2114508 TCTCACCTTATGTGCCCTTTCTGAAGTTACAGATCTCTCTCCTGACATTGTGCAGGCCAA
9643807 GCTTACATTGTGTGCTCTTTCTGAAGTGACAGGACTAGGACCTGACATCATACAAGCCAA
2268652 ACTCACACTGTGTGCCCTGTCTGAAGTCACAGGTCTAGGTCCTGACATCATACAAGCCAA
9643805 CCTCACTCTCTGTGCACTATCTGAGGTGACAAATTTGTCCCCTGACACCATCCAAGCAAA
9643810 CCTCACTCTCTGTGCACTCTCTGAGGTGACAAATTTGTCCCCTGACACCATCCAAGCAAA
2045521 CCTCACTCTCTGTGCACTCTCTGAAGTCACAAGCCTGTCCCCTGATATTATACAGGCCAA
2114509 CCTCACCCTCTGTGCACTTTCTGAGGTCACAAACCTGTCCCCTGATATTATCCAGGCCAA
2114531 CCTCACCCTCTGTGCACTTTCTGAGGTCACAAACCTGTCCCCTGATATTATCCAGGCCAA
2019151 CCTCACCCTTTGTGCACTCTCTGAAGTCACGAACCTATCCCCTGACATCATACAAGCTAA
2045565 AATCACCCTCTGTGCATTGTCTGAGGCTACTGGCTTATCACCTGATGTGGTACAGTCCAT